本店営業終了後も、八重洲ブックセンターは首都圏を中心に複数の店舗で営業を継続しています。公式の店舗ネットワークは以下の通りです。
- 京急上大岡店（神奈川県横浜市港南区・京急百貨店6階）
- アリオ葛西店（東京都江戸川区・アリオ葛西3階）
- イトーヨーカドー武蔵境店（東京都武蔵野市・イトーヨーカドー武蔵境店東館4階）
- イトーヨーカドー上板橋店（東京都板橋区）
- イトーヨーカドー八千代店（千葉県八千代市）
東京駅八重洲口周辺で専門書やビジネス書を探している場合、丸の内口側の「丸善 丸の内本店」や、日本橋方面の「丸善 日本橋店」、有楽町方面の「三省堂書店 有楽町店」が主要なアクセス先として機能しています。東京駅地下街（ヤエチカ）の書店コーナーも通勤客の日常使いとして重宝されています。
