本作を始めたばかりのプレイヤーから最も多く寄せられるのが、「敵の攻撃テンポに追いつけず、序盤の一般クラブ員にすら安定して勝てない」という悲鳴です。プレイヤーコミュニティや当時の攻略検証データが暴き出したポケモンカードGBで勝てない理由の9割は、プレイングの技術ではなく、初期デッキの「構築の歪み」に起因しています。
ゲーム開始時にオーキド博士の孫であるライバルのランドから譲り受ける初期デッキは、3種類の属性が混ざった混色構成となっており、進化前と進化後の枚数比率が著しく悪いため、手札事故が必然的に発生します。現代のTCGセオリーと異なり、本作の旧裏面環境ではドローサポートやサーチカードが極めて強力である一方、エネルギーの枯渇や「進化できないたねポケモンの棒立ち」が即座に敗北へと直結します。序盤を脱出するための鉄則は、単色または2色へデッキを絞り込み、たねポケモンを最低でも9〜11枚確保することです。
デッキの基礎を整えた上で重要となるのが、8箇所のクラブを巡るクラブマスター戦の攻略順です。自由に行き先を選べるシステムですが、敵の手持ちタイプとこちらのカード資産の相性を考慮しない無計画な進行は極めて危険です。攻略Wikiや実機検証グループの間で定石とされる最適攻略ルートは以下の通りです。
- バトルクラブ（格闘）：初期デッキに格闘や無色ポケモンを組み込み、弱点を突かれない安定した盤面でカード資産を稼ぐ。
- アクアクラブ（水）：草タイプのたねポケモン（マダツボミやフシギダネ系）を軸にした速攻でマスターのウッチーを撃破。
- エレキクラブ（雷）：水クラブで手に入れたパックから得た格闘ポケモン（ディグダ、サンド等）で弱点を突き、クルシマを圧倒。
- サイエンスクラブ（草・毒）：超・炎タイプを補強して挑み、厄介な状態異常攻撃を仕掛けるクルシマ配下を制圧。
- 草・火・エスパー・ピカチュウ系クラブ：パック開封で充実したトレーナーカード（オーキドはかせ、マサキ、パソコン通信）をフル投入し、各個撃破。
特に最初の関門となるアクアクラブマスターのウッチーや、エレキクラブのサンダー対策には、弱点を明確に突けるアタッカーを4枚積みした特化型速攻デッキを組むことが、遠回りに見えて最も安全な最短ルートとなります。
