賢者の石を語る上で欠かせないのが、黒幕である「お父様」と彼が生み出した7体のホムンクルスたちです。物語の原点は、数百年前の古代王国クセルクセスに遡ります。かつてフラスコの中に閉じ込められていた名もなき黒い影、すなわち「フラスコの中の小人」は、当時の王を騙して国中の人間を材料にした巨大な錬成陣を発動させました。
クセルクセスの住人すべてを犠牲にして精製された莫大な賢者の石を取り込むことで、小人はヴァン・ホーエンハイムの容姿を模した肉体を手に入れ、神にも等しい力を獲得しました。これが後の「お父様」です。お父様が自身の感情（傲慢・強欲・色欲・嫉妬・暴食・怠惰・憤怒）を切り離して創り出したホムンクルスたちもまた、その体内深くに核（コア）として賢者の石を埋め込まれています。
ホムンクルスが頭部を吹き飛ばされても、体を両断されても瞬時に再生できるのは、核となっている石の魂エネルギーを燃料として消費しているからです。しかし、その命は真の不死身ではありません。与えられた賢者の石のストックが底をつき、魂のエネルギーが完全に枯渇した瞬間、彼らは再生能力を失って塵へと還る宿命を背負っていました。
