ゲーム序盤の難所を突破し、強力なパーティを編成する上で不可欠となるのが、各種プレミアムコインの存在です。特に妖怪ウォッチ本家 スペシャルコイン QRコードから入手できる「スペシャルコイン」は、妖怪ガシャにおいてSランク妖怪（オロチ、キュウビ、各種古典妖怪など）の排出率が飛び抜けて高く設定されており、パーティの戦力バランスを一気に引き上げる起爆剤となります。
また、多くのプレイヤーが探求する妖怪ウォッチ2 5つ星コイン 入手理由は、通常プレイでは中盤以降まで手に入らない貴重なアイテムや、レジェンド妖怪の解放に直結するレア妖怪をピンポイントで引き当てる確率が極めて高いためです。玩具メダル連動だけでなく、当時の「次世代ワールドホビーフェア」や公式ファンブックの付録として配布された妖怪ウォッチ2 わくわくコイン QRコード（鳥・風・月・花・蝶の各属性）を併用することで、特定種族の妖怪を集中的に補強することも可能です。
さらに、『本家』バージョンを選択した最大の動機とも言えるのが、バージョン固有の存在である妖怪ウォッチ2 本家 限定妖怪 入手方法です。「キュウビ」をはじめとする本家限定妖怪は、ストーリークリア後の専用クエスト等で友達にできますが、ガシャ限定の排出テーブルにも影響を及ぼします。一方、前作プレイヤーへのファンサービスとして大きな話題を呼んだ妖怪ウォッチ2 ブチニャン 入手 経緯については、前作『妖怪ウォッチ』のセーブデータがSDカード内に保存されている状態で「おおばんぶるまいセット」を受け取るか、特定の連動手順を踏むことでジバニャンとコマさんが合体した姿である「ブチニャン」や「コマコマ」「コマじろう」の選択入手が可能となります。
