鵬翔高校サッカー部の歴史を語る上で欠かせないのが、高校サッカー史に刻まれるドラマとなった2012年度（第91回）全国高校サッカー選手権大会の全国制覇です。創立100周年を超える学校法人大淀学園の歴史において、この快挙は宮崎県のみならず九州のサッカー界に巨大な金字塔を打ち立てました。
当時チームを率いていたのは、長年にわたり鵬翔サッカーの礎を築いた名将・松崎博美監督でした。「ボールを大切に保持し、相手の逆を突く」パス＆ムーブのサッカーを展開し、準決勝では優勝候補の一角を撃破。成人の日に首都圏を襲った豪雪により、国立競技場で予定されていた決勝が数日後に三ツ沢球技場へと順延される異例のスケジュールの中でも、選手たちのメンタルは揺らぎませんでした。京都橘高校との決勝戦では壮絶な打ち合いの末、2-2から突入したPK戦を制し、歓喜の初優勝を飾りました。
この優勝は、突出したタレントに依存したものではなく、徹底した戦術理解と規律、そしてチーム全員が連動する組織力で掴み取った栄冠でした。それ以前からも、日本を代表するストライカーとして長年Jリーグの第一線でゴールを量産した興梠慎三選手（浦和レッズ等で活躍）をはじめ、数多くのJリーガーを輩出してきた鵬翔の育成手腕が、名実ともに日本一として証明された瞬間でした。
