映画版最大のミステリーである「ともだちの正体」は、小学生時代にケンヂたちと同じ小学校に通っていた「カツマタ君（勝俣忠信）」です。最終章のエンドロール後、約10分間に及ぶバーチャルアトラクションの追加シーンでその全貌が明かされます。
カツマタ君は、少年時代に駄菓子屋「ジジババ」で宇宙特捜隊のバッジを万引きした濡れ衣を着せられ、店主や周囲から激しいいじめを受けました。実はそのバッジを盗んでいた真犯人は少年時代のケンヂであり、カツマタ君は理不尽な絶望から「自分という存在」を社会から完全に抹殺されたと思い込んでしまったのです。
映画版では、大人になったカツマタ君（佐野史郎）が、死んだはずの「フクベエ」の顔に整形手術を行い、フクベエになりすまして「ともだち」として君臨していたという真相が明かされます。誰からも名前を覚えてもらえず、お面をかぶり続けることでしか世界と繋がれなかった孤独な少年の歪んだ復讐心が、世界を破滅へと導く原動力となっていました。
