近年の東山高校の進学実績において特筆すべきは、国公立大学現役合格率の上昇と、難関私立大学への安定した合格者数です。京都大学、大阪大学、神戸大学といった最難関国立大学群に毎年複数名の合格者を輩出しているほか、滋賀大学や京都工芸繊維大学など近隣国公立大への実績も手堅い数字を残しています。
この躍進を支えているのが、学校完結型の徹底した学習支援体制です。放課後の「進学講習」や個別ブースを備えた自習室の開放、専任スタッフによる学習コーチングなど、予備校に頼り切らずに自走できる仕組みが整えられています。学校関係者へのヒアリングでも、「男子校特有の一体感があり、受験期終盤における集団としての追い込みの強さは共学校以上の爆発力がある」と評価されています。
また、東山高校の指定校推薦枠の豊富さも受験生にとって大きな魅力です。同志社大学、立命館大学、関西学院大学、関西大学（関関同立）をはじめ、早稲田大学や明治大学といった首都圏の難関私立大学、さらに京都産業大学や近畿大学（産近甲龍）まで幅広い推薦枠を保持しています。日頃の定期試験や校内実力テストで高い評定平均を維持していれば、手堅く上位大学への切符を掴むルートが開かれています。
