喉の痛みに耐えかねて近隣のクリニックを受診し、処方された抗生物質（セフェム系やペニシリン系などの一般的な内服薬）を3〜4日飲み続けても、まったく症状が改善しないケースがあります。この扁桃炎 抗生物質 効かない 理由には、現代の医療現場が直面する3つの決定的な背景が存在します。
1つ目の理由は、「病原体がクラミジアである場合、通常の扁桃炎治療薬が無効であること」です。内科や耳鼻科で第一選択として出されるセフェム系抗菌薬（メイアクト、フロモックス等）やペニシリン系抗菌薬は、細菌の細胞壁合成を阻害して殺菌します。しかし、クラミジアは細胞壁を持たず、ヒトの細胞内に寄生して増殖する特性を持つため、これらの薬剤が一切効きません。クラミジアを叩くには、マクロライド系（ジスロマック等）やニューキノロン系、テトラサイクリン系といった特定の抗菌薬をピンポイントで投与する必要があります。
2つ目の理由は、「淋菌の急激な薬剤耐性化」です。淋菌は極めて薬剤耐性を獲得しやすい菌として世界的に警戒されています。現在、経口の内服抗菌薬（飲み薬）のほとんどに対して耐性を持っており、内服薬だけで咽頭淋病を完治させることは事実上不可能です。日本性感染症学会のガイドラインにおいても、咽頭淋菌感染症の治療は「セフトリアキソン（ロセフィン）1gの単回点滴静注」または「スペクチノマイシンの筋肉注射」が標準治療と定められています。外来で処方された錠剤をいくら服用しても菌は死滅せず、炎症がくすぶり続けるのはこのためです。
3つ目の理由は、「EBウイルスによる伝染性単核球症に対し、誤って抗菌薬を服用していること」です。ウイルス感染症に対して細菌を殺す抗生物質はそもそも効果を発揮しません。それどころか、伝染性単核球症の患者にペニシリン系抗菌薬（サワシリン等）を投与すると、全身に鮮紅色の紅斑（アモキシシリン疹）が出現するという重篤な副作用を引き起こすリスクがあります。熱が下がらず喉の腫れが引かないときは、漫然と同じ薬を飲み続けるのではなく、原因菌の再評価を行わなければなりません。
