多くの来訪者がつまずきやすいのが、バス車内における決済システムの仕様です。都市部で広く普及している全国相互利用ICカードSuicaやPASMO、ICOCAなどを、バス車内の運賃箱に直接タッチしても利用できません。鹿児島県内の路線バスでは、長年独自の地域ICカード（いわさきICカード・RapiCa）が主流だったためです。
現在の鹿児島空港連絡バス運賃は、鹿児島空港から鹿児島中央駅・天文館まで片道1,400円（小人700円）です。この運賃の支払い方法については、近年大幅なデジタル化が進み、利便性が飛躍的に向上しました。
車内運賃箱にはクレジットカードタッチ決済対応のリーダーが設置されており、Visa、JCB、Mastercard、American Express等のタッチ決済機能付きカードや、それらを登録したスマートフォンをかざすだけで直接決済が完了します。チケット売り場に並ぶことなく、手持ちのカードでそのまま乗車できるため、現在の移動スタイルとしては最も合理的です。もちろん、現金派の方はターミナル前の券売機で事前に紙の乗車券を購入して乗車することも可能です。
