映画を観終わった多くの人々が検索窓に打ち込むのが、「メガロドンは本当に実在したのか」「今もマリアナ海溝の底に潜んでいるのではないか」という疑問です。古生物学および海洋物理学の客観的データに基づき、フィクションと科学的事実の境界を明確にします。
まず、メガロドン（学名：Otodus megalodon）がかつて地球の海に君臨していたことは100%揺るぎない歴史的事実です。新生代中新世（約2,300万年前）から鮮新世末期（約360万年前）にかけて、世界中の温暖な海洋に広く分布していました。現在発見されている最大の歯化石は18センチメートルを超えており、顎の骨格復元モデルや現生ホオジロザメとの比較解剖学的研究から、成体の全長は15メートルから最大で約20メートル、体重は50トン以上に達したと推計されています。その咬合力（噛む力）は10万〜18万ニュートンと計算され、ティラノサウルスの3倍以上、現生ホオジロザメの10倍に匹敵する、地球史上最強クラスの捕食者でした。
では、劇中のように「マリアナ海溝の底でひっそりと生き残っている」という仮説は成立するのでしょうか。海洋生物学者や研究機関の見解は、以下の科学的根拠から「生存の可能性は完全にゼロである」と断定しています。
第1の理由は「代謝生理学と水温」です。メガロドンは現生のネズミザメ科と同様に、局所的に体温を周囲の海水よりも高く保つ「内温性（中温性）」を持っていたことが近年の歯化石同位体分析で判明しています。巨大な体を維持し、活発に遊泳して獲物を追うためには、温暖な表層海水（約15〜25度）が必要不可欠でした。マリアナ海溝をはじめとする水深数千メートルの超深海は、水温がわずか1〜4度という極寒の世界であり、巨大な内温性生物の生存には全く適していません。
第2の理由は「餌となる海洋生態系の破綻」です。全長20メートルの捕食者が生命を維持するには、クジラやアザラシといった大量の脂肪分を含む海洋哺乳類を日常的に捕食しなければなりません。しかし、光の届かない水深1万メートルのマリアナ海溝最深部（チャレンジャー海淵）に生息しているのは、端脚類（ヨコエビ）やシンカイヒトケファリ、マリアナスネイルフィッシュといった小型の深海生物のみです。メガロドンの巨体を維持できるカロリー源は深海に存在しないのです。
約360万年前の鮮新世末期、地球規模の寒冷化によって浅海域の環境が激変し、主食であった小型クジラ類が極地へと回遊パターンを変えたこと、さらに俊敏な競合相手である現生シャチの祖先が出現したことによって、メガロドンは獲物を失い絶滅したというのが学術的な結論です。映画の「未踏の温熱躍層」という設定は、スティーヴ・オルテンによる1997年の原作小説『メガロドン（原題：MEG: A Novel of Deep Terror）』が見事に構築した、極めて上質なSF的嘘（フィクション・ギミック）に他なりません。
