原発政策における最大の社会問題であり、世論の分断を生み続けてきたのが「核のゴミ」と呼ばれる高レベル放射性廃棄物の地層処分問題です。原子力発電では、燃えかすである使用済み核燃料の中にプルトニウムやマイナーアクチノイドなどの超ウラン元素（TRU）が含まれます。これらは強い放射線と崩壊熱を出し続けるため、放射能レベルが天然ウランと同等に減衰するまでには10万年におよぶ超長期の隔離管理が必要とされ、世界中で最終処分場の選定が難航してきました。
対する核融合において、放射性廃棄物の違いと処理問題は極めて明快な回答を持っています。核融合反応そのものの生成物は無害な「ヘリウム」と「中性子」のみであり、ウランのような使用済み核燃料は一切発生しません。高レベル放射性廃棄物はゼロです。
ただし、完全な「ゴミゼロ」というわけではありません。核融合反応で飛び出す高エネルギー中性子が炉の内壁材料（ブランケットや第一壁）に衝突することで、材料の原子が放射化し、中・低レベルの放射性廃棄物が発生します。しかし、低放射化フェライト鋼（F82H）など日本の材料工学が主導する先端材料を採用することにより、放射能レベルは約50年から100年程度で十分に低減し、再利用や浅地中埋設処分が可能な水準まで下がります。
数世代にわたる管理で完結するこの差は、地政学的・社会的合意形成において既存原発とは次元の異なる優位性をもたらすと言えます。
