羽鳥慎一アナのプライベートにおいては、過去の離婚と新たなパートナーシップの構築が知られています。1996年に元客室乗務員の一般女性と結婚し、長女をもうけましたが、多忙によるすれ違いなどを経て2012年に円満離婚を発表しました。離婚後も前妻および長女との良好な関係を保ち、養育や進路をしっかりとサポートし続けたことが報じられています。
その後、2014年に数々のヒットドラマを手掛ける脚本家の渡辺千穂氏と再婚。渡辺氏はNHK連続テレビ小説『べっぴんさん』やフジテレビ系ドラマ『名前をなくした女神』などを手掛けた第一線のクリエイターです。2016年には女児が誕生し、羽鳥アナは50代を迎えてからも育児に積極的に携わる良き父親としての横顔を見せています。
異なるフィールドでトップを走り続ける表現者同士として、互いの仕事に対する深いリスペクトが基盤にあります。家庭内での心理的な安心感と自立したパートナーシップが、平日の激務を乗り切る大きなエネルギーとなっています。