胃の内壁を覆う粘膜は、本来であれば強力な胃酸から自らを守るための特殊な胃腺細胞で構成されています。ところが、何らかの理由で組織への攻撃と再生が長期にわたって繰り返されると、胃の細胞が修復を諦め、「酸に耐えるよりも、腸のような粘膜に性質を変えてしまおう」と変貌を遂げます。病理組織学において、ある成熟した正常細胞が別の正常組織の細胞形態へ入れ替わる現象を「化生（Metaplasia）」と呼び、これが胃粘膜内で生じた状態こそが腸上皮化生です。
顕微鏡レベルの生検組織所見では、本来の胃粘膜には存在しないはずの「杯細胞（粘液を分泌する腸特有の細胞）」や吸収上皮細胞、パネート細胞が出現しているのが確認されます。世界保健機関（WHO）の分類や国際疾病分類（ICD-10/11）でも明確にコード化されている病態であり、単なる一時的な荒れとは明確に区別されます。
患者が最も混乱しやすいのが、萎縮性胃炎と腸上皮化生の違いです。両者は独立した別の病気ではなく、いわば同一の時間軸上に並ぶ「進行プロセスの段階差」に位置付けられます。胃粘膜の炎症が慢性化し、胃液を分泌する胃腺が破壊されて粘膜が薄く痩せ細っていく段階が萎縮性胃炎です。そして、その極限状態に達した粘膜の修復限界を超えた結果、腸の細胞構造へと不可逆的に置き換わってしまった状態が腸上皮化生です。病態の進行順序としては「表層性胃炎 → 慢性萎縮性胃炎 → 腸上皮化生 → 異形成 → 胃がん」という、ペレイヨ・コレア博士が提唱した「コレアの多段階発がんカスケード」の重要な中間地点に該当します。
ここで極めて重要な事実が、腸上皮化生の自覚症状は原則として「完全に無症状」であるという点です。胃のもたれ、胸焼け、キリキリとした痛みなどを訴えて受診する患者もいますが、それらは併発している表層の急性胃炎や機能性ディスペプシアによるものであり、腸上皮化生そのものが神経を刺激したり痛みを引き起こすことはありません。胃の内部が静かに、音もなく「腸の壁」へと作り替えられていく性質こそが、健診での指摘時に患者が受ける心理的ショックを増幅させる最大の要因となっています。
