「自然食品だからどれだけ飲んでも安心」という認識は危険です。菊芋茶を取り入れる際には、いくつかの注意点と物理的な限界を理解しておく必要があります。
第1の盲点は、過剰摂取による副作用です。イヌリンは腸内で善玉菌によって急速に発酵・分解されるため、一度に大量に飲むとお腹が張る（腹部膨満感）、ゴロゴロと鳴る、あるいは浸透圧の変化によって軟便・下痢を引き起こすことがあります。初めて飲む方は1日1杯（200ml程度）から開始し、体調を見ながら1日2〜3杯程度に留めるのが賢明です。
第2の盲点は、キク科アレルギーの存在です。菊芋はキク科ヒマワリ属の植物であるため、ブタクサ、ヨモギ、カモミールなどにアレルギー反応を起こす体質の方は、喉の痒みや皮膚の発疹などの症状が現れる恐れがあります。該当する方は少量から慎重に試すか、医師への事前相談を推奨します。
また、抽出後の「出がらし」をそのまま捨ててしまうのは栄養面で大きな損失です。水溶性のイヌリンはお湯に溶け出しますが、不溶性の食物繊維や微量ミネラルは茶葉に残存しています。
出がらしチップは水気を軽く絞り、細かく刻んで炊き込みご飯の具材に混ぜたり、味噌汁、ハンバーグのタネ、きんぴらに加えることで、シャキシャキとした食感とコクを無駄なく再利用できます。天日干しと焙煎を経たチップはエグ味が抜けているため、料理の風味を邪魔しません。
