夜間の救急診療で飼い主が最も不安を抱きやすいのが費用面です。夜間救急病院では、深夜勤務に当たる医療スタッフの人件費や即時稼働する医療設備維持のため、通常の診察料とは別に夜間診察料（時間外初診料）が加算されます。
京都市内における夜間診察料の相場は10,000円〜15,000円（税抜）程度です。これに加えて、深夜に行われる血液検査、レントゲン撮影、超音波検査、点滴や緊急外科処置などの治療費が上乗せされるため、1回の受診における支払い総額は30,000円〜80,000円前後、重症度や緊急手術の有無によっては10万円を超えるケースも珍しくありません。
見落とせないのがペット保険の適用関係です。多くの大手ペット保険会社では夜間救急の診察料や治療費も補償対象に含まれていますが、深夜帯の窓口精算には対応していないケースがほとんどです。そのため、基本的には「受診当日に全額をクレジットカード等で立て替え払いし、後日明細書を保険会社へ送付して保険金を請求する」形となります。受診時は限度額に余裕のあるクレジットカードか、まとまった現金を必ず手元に用意して向かう必要があります。
