馬事畜産会館の存在意義を理解するうえで欠かせないのが、入居する主要組織の役割です。館内には馬および畜産に関連する中核的な法人がオフィスを構えてきました。
代表的な入居組織の一つが公益社団法人日本馬事協会です。同協会は、乗馬や使役馬を含めた馬の登録事業、血統書の発行、馬事文化の普及活動などを一手に引き受ける業界の要です。競馬ファンにとっても、引退名馬の余生支援事業などでその活動を目にする機会が多いでしょう。
さらに、地方競馬全国協会（NAR）関連の部署や窓口機能、日本軽種馬協会（JBBA）の関連拠点、各種の畜産振興関連団体（肉用牛振興や養豚・酪農支援組織）などが連携するプラットフォームとしても機能してきました。JRA（日本中央競馬会）が主催する中央競馬と、地方競馬、さらには生産牧場を結ぶ重要な行政的・実務的パイプ役を担うオフィスが集結している点が、本会館の際立った特徴です。
