医学部生が6年間を過ごす舞台となるのが、大分県由布市に位置する挾間キャンパスです。総合大学としての本部がある旦野原キャンパスとは完全に分離された、医学教育・医療研究に特化した独立キャンパスとなっています。
周囲は自然に囲まれた静謐な環境であり、学業に専念するには申し分ない立地です。ただし、大分駅周辺や別府市街地までは車で20〜30分程度を要するため、在学生の多くは自家用車を所有して生活しています。「車がないと日用品の買い出しや休日の移動に苦労するが、学生同士で車を乗り合って温泉巡りやドライブを楽しむなど、親密でアットホームなコミュニティが形成されている」（在学生談）というリアルな評判が寄せられています。
教育環境の要となる大分大学医学部附属病院は、高度救命救急センターや総合周産期母子医療センターを備える県内唯一の大学病院です。最新の手術支援ロボット（ダビンチ）を用いた高度先進医療から、過疎地域を支える地域包括ケアまで、実践的な臨床実習（ポリクリ）を学部段階から深く経験できる点が同大学の大きな強みとなっています。
