圧倒的な利便性を持つ新幹線eチケットですが、システムの特性を理解していないと思わぬ追加支出やトラブルを招くケースが存在します。現場で頻発する主な注意点は以下の3点です。
1. 在来線乗り継ぎにおける「運賃逆転現象」
紙の切符に適用されていた「特定都区市内制度（東京都区内駅ならどの駅から乗っても東京駅発と同額扱いになる制度）」が、新幹線eチケットには適用されません。そのため、例えば新宿駅から東京駅経由で仙台駅へ向かい、さらに仙台駅から在来線で数駅移動する場合、新宿〜東京間および仙台〜下車駅間の在来線運賃が別途Suica残高から引き落とされます。新幹線単体の割引額（200円）を在来線運賃が上回り、結果として総額が高くなる場合がある点に留意が必要です。
2. 複数人予約におけるICカードの個別割り当て必須化
出張の同伴者や家族旅行などで「1台のスマホから複数人分をまとめて予約」すること自体は可能です。ただし、改札を通過する際には乗車する全員が各自の交通系ICカードを1人1枚所持し、予約時にそれぞれのICカード番号を個別紐付けしていなければなりません。全員がカードを持参していない場合は、乗車前に駅の指定席券売機で全員分の紙切符を発券する必要があります（発券後はeチケットの変更無料特典が消失します）。
3. 変更・キャンセル料のルール差
改札通過前かつ指定列車の出発前であれば何度でも変更手数料は無料ですが、払戻し（キャンセル）を行う際は所定の取消手数料が発生します。「トクだ値」などの割引切符は出発直前のキャンセル料率が通常切符より高く設定されているため、確実な日程での購入が推奨されます。
