石の教会を真に理解するためには、その奇抜な外観の奥にある思想へ遡る必要があります。この礼拝堂は1988年、明治から大正にかけて日本のキリスト教界に巨大な足跡を残した思想家・内村鑑三の顕彰を目的として建立されました。
内村が生涯を通じて提唱したのは、「制度化された建物や特定の教派に縛られず、大自然のなかで神と直接対話する」という無教会思想でした。この目に見えない哲学を物質的な空間として具現化したのが、アメリカの名匠ケンドリック・ケロッグです。ケロッグは、巨匠フランク・ロイド・ライトの愛弟子であり、自然界の摂理と建築を同化させる「有機的建築（オーガニック・アーキテクチャ）」の世界的継承者として知られます。
礼拝堂を形作るアーチ状の硬質な【石】は男性の強さや現実世界を象徴し、その隙間を埋める透明な【ガラス】は女性の柔らかさや天界からの光を象徴しています。石とガラスが互いを支え合いながら東から西へ連なるアーチは、人間が手を取り合って人生の歩みを進める姿そのものです。
内部へ足を踏み入れると、地下の記念堂から礼拝堂へと続く壁面を伝って、清らかな水が絶え間なく流れ落ちています。水音が反響する静寂の中、岩肌には軽井沢の自生シダや苔が息づいており、屋外の原生林と室内の境界線が消失しているかのような感覚にとらわれます。「自然の中にこそ真の教会がある」という内村鑑三の魂の叫びが、ケロッグの卓越したエンジニアリングによって静かに共鳴しているのです。
