多くの家庭が同志社女子を選択する最大の動機である「同志社大学への内部推薦制度」。公式発表資料および進路統計によると、卒業生の約80%〜85%が同志社大学、約5%〜8%が同志社女子大学へ内部進学を果たしています。
ただし、「入学すれば誰でも希望の学部に無条件で進学できる」という認識は誤りです。内部推薦の獲得には、高校3年間の学業成績（内申点）、実力テスト、英語資格試験（英検やTOEIC・GTECスコア）、および生活態度が厳密に数値化されます。
- 人気学部（法学部・経済学部・商学部・心理学部・グローバル・コミュニケーション学部など）の枠：学内上位層から順に希望が通るため、定期試験で上位30%以内をキープする継続的な学習習慣が求められます。
- 理工学部・生命医科学部などの理系枠：高校段階での数学・理科の指定単位取得と基準成績のクリアが必須要件となります。
- 国公立大学併願制度の運用：同志社大学の推薦権を保持したまま国公立大学を受験できる制度（一部条件あり）も存在し、WRコース生にとって大きなセーフティネットとなっています。
