じゃがいもを掘り上げた後の畑は、旺盛に肥料分を吸い上げた後であるため、土中の栄養バランスが偏り、構造的にも固くなっています。さらに、じゃがいもはナス科の植物であるため、同じナス科（トマト、ナス、ピーマン、唐辛子など）を続けて植え付けると「連作障害」が発生し、青枯病や疫病、センチュウ被害などで壊滅的な打撃を受ける危険性があります。土壌病害を防ぐためには、最低でも2〜3年の輪作期間を設けるのが原則です。
収穫後の土壌改良手順として、まず掘り残した小さなイモや枯れ葉、根などの残渣を完全に除去します。これらを放置すると病原菌の温床となるためです。残渣を片付けた後、完熟牛ふんたい肥または腐葉土を1㎡あたり約2kg、苦土石灰を100g程度すき込んで深く耕起し、土壌の団粒構造とpHバランス（弱酸性〜微酸性）を回復させます。元肥としては、次作の作目に応じて緩効性の化成肥料（8-8-8など）を適量施します。
じゃがいも収穫後のリレー栽培として最も相性が良いおすすめ後作野菜は、以下の作目です。
1. マメ科野菜（エダマメ、インゲン、落花生）
根粒菌の働きによって空気中の窒素を土中に固定するため、じゃがいもが消費した土壌の地力を自然に回復させる優れたクリーニングクロップとして機能します。
2. アブラナ科野菜（キャベツ、ブロッコリー、白菜、大根）
初夏に収穫を終えた区画を夏の間太陽熱消毒やたい肥で整え、8月下旬から秋植えの苗を定植・播種するローテーションに最適です。科が異なるため連作障害の心配がありません。
3. ネギ類・タマネギ
土中の病原菌を抑制する拮抗菌を持つため、後作として植え付けることで土壌環境の浄化に貢献します。
