文殊仙寺の御朱印は、豪快かつ繊細な筆遣いで知られ、納経所にて直書きや限定台紙の授与が行われています。「九品仏」や「本尊文殊菩薩」の墨書に加え、神仏習合の歴史を刻む宝印が鮮やかに押印されます。季節ごとの特別御朱印や、切り絵を施した限定授与品が登場することもあり、御朱印愛好家の間でも高い評価を得ています。
また、寺院の至宝である本尊の秘仏開帳は、原則として十二支の卯年にあたる12年に一度のみ執り行われます。直近の御開帳時にも全国から数十万人規模の巡礼者が訪れ、普段は閉じられている厨子の奥に佇む文殊菩薩像を直接拝顔する特別な儀礼が厳修されました。開帳期間外であっても、前立ち本尊への参拝や本堂内での特別祈祷を通じて、その深遠な功徳に触れることが可能です。
