連載当時から現在に至るまで、ファンの間で最も活発な議論を呼んでいるのが「宇宙の一巡」のシステムと、結末における世界の再構成です。ネット上では「世界が完全に滅亡して全員死んだ」という単純なバッドエンドと誤解されるケースが少なくありませんが、作中の設定はより精緻です。
メイド・イン・ヘブンによる時の加速は、全宇宙の終焉（ビッグクランチ）を経て新たな宇宙の創生（ビッグバン）へと至ります。この一巡を生き延びた人類は、「これから自分の身に起こる未来の出来事」を本能的・記憶的に完全に知っている状態になります。プッチ神父が定義した「天国」とは、誰もが自分の運命を知り、絶望を克服したうえで生きる世界でした。
しかし、一巡が完全に完了する手前（ケープカナベラルでの時間軸）で神父が死亡したため、神父の存在した歴史そのものが消滅。因果律が再編された結果、承太郎や徐倫たちは「神父の脅威に縛られなかった幸福な人生（アイリンやアナキスとしての世界）」へと解放される結末を迎えました。
