現在、藤原竜也の家族構成は本人、妻、そして2016年に誕生した第1子の3人家族です。2026年を迎えた現在、子どもは10歳前後の小学生へと成長しています。誕生時、所属事務所を通じて「元気な赤ちゃんを授かりました。守るべき家族が増え、より一層俳優業に励みます」と簡潔にコメントを出したのみで、性別や名前、通学先などの情報は一切伏せられています。
徹底した情報管理が敷かれる一方で、近隣住民や都内レジャースポットを訪れた一般人からの目撃情報は、極めて温かみのあるものばかりです。都内の閑静な住宅街付近のスーパーで仲良く買い出しをする姿や、休日に家族連れで公園を訪れ、子どもと無邪気に遊ぶ藤原竜也の姿が複数回キャッチされています。周囲に威圧感を与えることなく、カジュアルな装いで「ごく普通の父親」として溶け込んでいる様子が伝えられています。
舞台『ハリー・ポッターと呪いの子』をはじめとする超ロングラン公演や過密な映像撮影の合間にも、妻と連携を取りながら子どもの学校行事や送迎に積極的に関わっているとされます。夫婦仲に関しても冷え込みや不協和音の気配は一切なく、多忙な夫の体調管理を栄養面から支える妻と、家庭の時間を最優先に確保する夫という、強固な相互サポート体制が確立されています。