訪れるファンの最大の目的といえば、ここでしか手に入らないポケモンセンターキョウト 限定グッズの数々です。その筆頭格として君臨し続けているのが、雅な着物に身を包んだ京都 ポケモンセンター 舞妓ピカチュウおよび「お公家さまピカチュウ」の関連グッズです。精巧な西陣織風の生地感や扇子、髪飾りのディテールに至るまで、伝統文化への敬意が細部に宿った逸品として高い支持を集めています。
さらに、コレクターアイテムとして定番の京都 ポケモンセンター 記念メダル(メダリーフ)も見逃せません。京都店限定デザインとして、伝説のポケモン「ホウオウ」とピカチュウが並び立つレリーフなど、来訪日を刻印できるマシーンが設置されています。1回数百円という手軽さも手伝い、旅の思い出作りに選ばれる定番となっています。このほか、京都の老舗菓子店とコラボレーションした八ツ橋や宇治茶風味のスイーツ、和雑貨調の巾着など、配り土産に最適な限定品も充実しています。