本作の舞台は、四方を黒い煙に覆われ、住民たちが青い空や輝く星の存在すら知らない「えんとつ町」です。町を統治する中央銀行や異端審問官は、秩序を乱す者や「外の世界」を信じる者を容赦なく取り締まっていました。
ハロウィンの夜、夜空を駆ける配達屋が落とした心臓に町のゴミが集まり、奇跡的に命を宿した「ゴミ人間プペル」が誕生します。あまりの異臭と異様な見た目から町の住人たちに忌み嫌われ、暴力を振るわれるプペルを救ったのが、煙突掃除屋として働く少年ルビッチでした。ルビッチの亡き父ブルーノは、かつて町の外に出て「煙の上には星がある」と語り、町中から嘘つき呼ばわりされた末に命を落としていたのです。
二人は次第に心を通わせ、かけがえのない親友となりますが、町の支配体制を揺るがす存在として異端審問官から追われる身となります。物語のクライマックスでは、父が残した設計図をもとに巨大な気球に大量の火薬を積み込み、煙を吹き飛ばす命がけの作戦を決行。煙を突き抜けた先で二人が目にしたのは、息を呑むほどに広がる本物の満天の星空でした。
映画版では、窪田正孝さんが演じるプペルの純真無垢で切ない声と、芦田愛菜さんが吹き込んだルビッチの芯の強さと孤独が完璧に融合。立川志の輔師匠が演じた父ブルーノの重厚な語り口や、小池栄子さん演じる母ローラの温かさも相まって、親子の絆と信念の尊さを浮き彫りにする重層的なヒューマンドラマへと昇華されています。
