軍艦島への上陸ツアーを運航している公認事業者は主に4社存在します。それぞれ船の規模、発着場所、ツアーの特色が異なるため、軍艦島ツアーの会社比較を行い、自分のスケジュールや好みに合った窓口を選ぶことが予約成功への第一歩です。
軍艦島コンシェルジュは、最新鋭の大型クルーズ船を配備し、船内設備の充実度や揺れの少なさでトップクラスの人気を誇ります。軍艦島デジタルミュージアムとのセットプランなど付加価値が高い一方、知名度が高いため最も予約が埋まりやすい傾向にあります。
やまさ海運の軍艦島ツアーは、長崎港フェリーターミナル（大波止）を拠点とする老舗の運航会社です。大型船「マルベージャ」などを運航しており、収容人数が多いため比較的団体の受け入れ幅が広いのが特徴です。
軍艦島クルーズ（高島海上交通）は、途中で高島に寄港し、軍艦島の精巧な巨大模型を使った事前レクチャーを受けられるのが魅力です。上陸前に歴史的背景を深く学べるため、歴史ファンからの支持が厚いツアーです。
シーマン商会は、中型船「さるく号」などを運航しており、ガイドの手厚さやアットホームな接客に定評があります。大手2社に比べて予約合戦がわずかに緩やかな場合があり、穴場としてチェックしておくべき存在です。
