安納芋の人気の高まりに伴い、かつては市場で他地域産の類似品が出回るなどの課題にも直面した。これに対し、農林水産省は地域の伝統的産品を守る「地理的表示保護制度（GI）」の対象として、鹿児島県種子島産の安納芋を登録。国の基準のもとで厳格な品質管理が行われる体制が整えられた。
ブランドの品質維持で中心的な役割を果たしているのがJA種子屋久だ。集荷されたすべての芋は非破壊糖度センサーや視覚検品を経て選別され、出荷基準を満たしたものだけが「本物の種子島産」として全国へ届けられる。偽物を排し、消費者に安心と本物の味を届ける取り組みが、現在の確固たる評価につながっている。
