下処理を終えたら、いよいよぬか床へ漬け込みます。水ナスは果肉が柔らかいため、漬けすぎると塩辛くなり、せっかくの瑞々しさが損なわれます。温度管理と時間の見極めが成否を分けるポイントです。
味の浸透を均一にするため、ヘタの根元から縦に1cm〜2cmほどの浅い切れ目を十字に入れておきます。この切れ目にも軽く塩を馴染ませ、水ナス全体をたっぷりのぬかで隙間なく包み込み、ぬか床の底深くに埋め込んで空気をしっかり遮断してください。環境ごとの最適な漬け時間の目安は以下の通りです。
・常温（18〜22℃前後）：約12時間〜18時間（半日〜1日弱）
乳酸菌の活動が活発なため、短時間で芳醇な酸味と香りが立ち上がります。朝漬ければその日の夕食に、夜漬ければ翌日の昼頃に絶妙な浅漬けが完成します。
・冷蔵庫・野菜室（10〜15℃前後）：約24時間〜36時間（1日〜1日半）
過発酵を防ぎながらじっくり味を染み込ませたい場合や、真夏の高温期には冷蔵庫の野菜室がベストです。低温管理によって皮の変色リスクを最小限に抑えられます。
食べ頃を見極めるサインは、水ナスを指先で優しく押したときの弾力です。漬ける前のピンと張った硬さから、「耳たぶより少し硬い程度の適度なしなり」を感じる状態になれば、内部までしっかり水分と塩分が行き渡ったベストタイミングです。
