8つのメダルを集めた後に待ち受けるポケモンカードドームの「グランドマスター四天王」は、いずれも凶悪な専用デッキを使用してきます。それぞれ異なる戦術コンセプトを持つため、事前のメタデッキ構築が攻略の鍵を握ります。
1人目：火炎のコートニー
キュウコンやリザードンを擁する高火力デッキ。特殊能力「エナジーバーン」やトラッシュ利用を仕掛けてきますが、水タイプのカメックス・フリーザーデッキ、あるいは前述の無色速攻デッキで「にげる」を封じつつ各個撃破すれば容易に突破可能です。
2人目：雷電のスティーブ
エレブーやサンダーを並べ、電光石火の速攻を仕掛けてきます。闘タイプが弱点となるため、エビワラーやダグトリオを中心とした闘単デッキをぶつけることで、相手の打点が伸びる前に完封できます。
3人目：幻影のジャック
ジュゴンやフリーザーを中心とした耐久・妨害型水デッキ。状態異常「ねむり・マヒ」を多用してくるため、「なんでもなおし」の採用が必須。雷タイプの速攻で主力を迅速に狩るのがベストアンサーです。
4人目：竜脈のロッド
四天王の頂点に君臨するロッドは、伝説のドラゴンデッキを操ります。特に脅威となるのが、特殊能力「いやしのかぜ」で登場時に味方全体のダメージを全回復させる「カイリュー（Lv41）」です。ロッド戦では、相手のミニリュウやハクリューがカイリューに進化する前に「突風」で引きずり出して即座に処理する戦術を徹底してください。打点が分散すると無限に回復され、千日手に持ち込まれます。
グランドマスターを4人全員撃破すると、エンディングとともに「伝説のポケモンカード（フリーザー・サンダー・ファイヤー・カイリュー）」の中からランダムで1枚（周回ごとに複数枚）が授与されます。全4種をコンプリートするためには、クリア後に再度ポケモンカードドームに挑み、グランドマスターたちと再戦を繰り返す必要があります。
