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医療機関の経営者・医師にとって、厚生局の存在が最も重くのしかかる局面が「個別指導」と「監査」です。保険診療の適正化を目的に実施されるこの行政手続きは、手順と重みが段階的に分かれています。
まず、平均点数（レセプト1件あたりの請求額）が同規模の近隣医療機関と比較して著しく高い上位医療機関などを対象に行われるのが「集団的個別指導」です。ここでは講習形式による是正が促されますが、それでも算定状況が改善しない場合や、診療内容に疑義がある場合には、指導医療官と事務官が直接クリニックに出向く（あるいは指定場所へ呼び出す）「個別指導」へと進みます。
個別指導では、カルテ（診療録）や看護記録、検査結果、請求レセプトの原本が綿密に照合されます。もしカルテ記載の不備や不適切な保険請求が確認された場合、自主返還金の算出や再指導が命じられます。
さらに、不正請求（架空請求・付け増し請求・振替請求など）が強く疑われる事案や、度重なる指導に従わない悪質なケースでは、強権的な「監査」が発動されます。監査の結果、不正が認定されると「保険医療機関の指定取消（原則5年間の保険医療停止）」という、医療機関にとって事実上の経営破綻を意味する極めて重い処分が下されます。
2026年現在の指導監査においては、オンライン資格確認や電子処方箋の完全普及に伴い、医療ビッグデータの自動スクリーニング技術が確立されています。「どの医薬品がどの頻度で処方され、適応病名と一致しているか」が電子レセプト上で一元監視されるため、従来のような形式的なカルテチェックにとどまらない、高度なデータ監査体制が敷かれています。
