成形が終わったら、じっくりと火を入れて米粒の形が完全に消えるまで煮溶かしていきます。
大鍋を使用する場合、あくまきを煮る時間と火加減は、浸け汁の残りを加えたたっぷりの湯で弱火〜中火で3時間から4時間煮込みます。あくまきが湯の表面から露出するとムラができるため、落とし蓋をして常に湯に浸かった状態を保ち、湯が減ったら差し湯を足します。
現代の調理環境で圧倒的におすすめなのが、圧力鍋で作るあくまきです。通常の鍋では半日仕事となる煮込み工程を、高圧加熱によって劇的に短縮できます。
圧力鍋の底にすのこやすだれを敷き、包んだあくまきを並べてひたひたの水を注ぎます。高圧で圧力をかけ、加圧時間35〜40分、その後は火を止めて自然放置（減圧）で約20分蒸らすだけで、芯まで完全にトロトロの状態に仕上がります。大幅な時短になりながら、伝統製法と遜色ない極上の食感を引き出すことが可能です。
