神奈川県内の公立高校入試において、横浜市立みなと総合高等学校の偏差値は各種模試でおおむね56〜59程度に位置付けられています。中堅上位校から上位校へのステップアップを狙う層が厚く集まる激戦ゾーンです。
選考で重視される内申点の目安は、中2・中3の成績を合わせた合計値で105〜112点前後（中3時でオール4＋α）がひとつの安全圏ラインとされています。神奈川県の公立高校入試における第1次選考では、学力検査得点と調査書（内申点）の比率が設定されていますが、みなと総合高校では内申点だけでなく当日の学力検査での得点力も厳しく問われます。
本番の入試学力検査における合格ボーダーラインは、難易度にも左右されますが330点〜360点（500点満点中）が現実的な目標水準です。特に倍率が跳ね上がった年度は、ボーダー付近の争いが1点刻みで激化するため、苦手科目をなくし基礎〜標準問題を確実に得点する盤石な対策が求められます。
