作品が持つ陰鬱な引力を理解するうえで、避けて通れないのがその緻密なプロットと救いのない結末です。物語の舞台は19世紀末のロンドン。名高き医師ヘンリー・ジキルは、精神を病んだ父を救いたいという純粋な願いから、人間の心から「悪」を分離し「善」のみを残す治療薬の開発に没頭していました。
しかし、偽善に満ちた聖ジュード病院の理事会は、人体実験の要請を「神への冒涜」として冷酷に却下します。絶望したジキルは自らを被験者として実験薬を投与。その結果誕生したのが、内なる欲望と残虐性を剥き出しにした別人格エドワード・ハイドでした。
ハイドは夜の街を闊歩し、ジキルを嘲笑した理事会の有力者たちを次々と惨殺していきます。一方、ジキルはルーシーの傷の手当てを通じて彼女から思慕を寄せられますが、ハイドの凶行を自力で止めることができなくなっていきます。自我が崩壊寸前となる中、ジキルとハイドが精神世界で壮絶な主導権争いを繰り広げるナンバー「対決（Confrontation）」は、演者の喉と神経を限界まで削る本作最大の見せ場です。
物語の結末はあまりにも残酷です。最愛の婚約者エマとの結婚式当日、ジキルの肉体をハイドが完全に支配してしまいます。狂気の淵で一瞬だけ正気を取り戻したジキルは、親友であり弁護士のアターソンに対し、自らを撃ち殺すよう懇願します。引き金を引けない親友の躊躇を見たジキルは、自らアターソンの持つ仕込み杖の刃に飛び込み、絶望的な生に幕を下ろすのです。崇高な善意から始まった試みが、最悪の悲劇を招くという結末は、観る者の倫理観を深く揺さぶり続けます。
