水元公園を象徴する最大の絶景といえば、中央広場東側に広がる「メタセコイアの森」です。およそ1,500本もの巨木が整然と立ち並ぶ光景は圧巻の一言。特にメタセコイアの森の紅葉が見頃を迎える11月下旬から12月上旬にかけては、森全体が鮮やかなレンガ色に染まり、地面に敷き詰められた落ち葉の絨毯とともに幻想的な世界を作り出します。
初夏の風物詩として外せないのが、都内最大級の規模を誇る「はなしょうぶ園」です。毎年6月上旬から中旬にかけて開催される葛飾菖蒲まつりの開花状況は多くのメディアで報じられ、約100種・1万4,000株の花菖蒲が咲き競います。期間中は特設ステージや地元の露店が並び、多くの観光客で賑わいを見せます。
春の桜並木、夏のオニバスやアサザといった貴重な水生植物、冬の澄んだ青空と木立のシルエットなど、1年を通して途切れることなく植物の美しさを堪能できる点も大きな特徴です。