私生活において、ペク・ジョンウォンの伴侶である女優ソ・ユジン（So Yu-jin）との関係は、韓国芸能界屈指の「おしどり夫婦」として広く知られています。2人は2013年1月に結婚し、現在までに1男2女の3人の子どもに恵まれています。
出会いのきっかけは、俳優シム・ヘジンの紹介でした。当時、すでに実業家として名を馳せていたものの芸能界では無名に近かったペク・ジョンウォンと、トップ女優として活躍していたソ・ユジン。15歳の年齢差があったことから、結婚当初はインターネット上で「財産目当ての結婚ではないか」といった心無い憶測やゴシップが飛び交うこともありました。
しかし、そうした外野の雑音を吹き飛ばしたのは、ペク・ジョンウォンの誠実な行動と献身でした。交際中、多忙な撮影スケジュールをこなす彼女のために毎日手作りの特製弁当や健康ジュースを届け、料理を通じて彼女と彼女の家族の心を掴んでいきました。現在では、ソ・ユジンのSNSやテレビ番組で、週末に子どもたちのために厨房で腕を振るうペク・ジョンウォンの微笑ましい父親としての姿が公開され、韓国の理想の夫婦ランキングで常に上位に選ばれる存在となっています。
