他国の軍隊では国家元首（大統領や国王）が最高司令官を務めるケースが多いため、「日本の象徴である天皇が最高指揮官ではないのか」と疑問を持つ方も少なくありません。また、日々の防衛政策で前面に立つ防衛大臣との役割分担についても誤解が生じがちです。
戦前の大日本帝国憲法下では、天皇が陸海軍を直接統帥する「統帥権」を保持していました。しかし、現行の日本国憲法において天皇の地位と自衛隊の関係は完全に切り離されています。憲法第4条に基づき、天皇は国政に関する権能を持たず、内閣の助言と承認による形式的・儀礼的な国事行為のみを行うため、自衛隊に対する指揮権や命令権は一切持ちません。
一方、防衛大臣は自衛隊法第8条に基づき、内閣総理大臣の指揮監督を受けながら「自衛隊の隊務を統括する」立場にあります。防衛大臣は防衛省の長として平時の部隊管理、防衛予算の執行、装備品の調達、人事管理などを幅広く指揮・監督します。ただし、自衛隊を実動させる最も重い決断である「防衛出動」などの最終命令を下す権限は防衛大臣単独にはなく、あくまで首相の命令を執行・伝達する役割を担います。
