最終巻の物語は、不老不死の存在である「虚（うつろ）」との最終決戦、そして吉田松陽という師を巡る銀時・高杉・桂たちの因縁の行方を軸に展開します。
アルタナの暴走を止め、虚の野望を打ち砕くための壮絶な死闘の中で、高杉晋助は自らの命を賭して銀時の背中を守り、散っていきます。かつて師の首を斬る役目を背負った銀時は、親友である高杉の最期を看取り、自らの手で過去の呪縛に終止符を打ちました。そして、弟子たちの成長と覚悟を見届けた松陽もまた、穏やかな笑顔を残して消滅を受け入れます。
戦いが終わり、復興へと歩み出す江戸。一度はそれぞれの道を歩むために解散していた万事屋でしたが、銀時、新八、神楽、そして意識を取り戻した定春は、再び万事屋銀ちゃんの看板のもとへと戻ってきます。「何があっても変わらない日常」を取り戻す3人の軽妙な掛け合いとともに、15年に及ぶ物語は最高のフィナーレを迎えました。
