劇中でメイが小トトロを追いかける際、小トトロは徐々に体が透き通り、最後には完全に姿を消してしまいます。この小トトロが透明になる理由には、設定上の明確な必然性があります。
宮崎駿監督の解説やジブリの公式設定によると、トトロたちは基本的に「人間には見えない精霊（もののけ）」であり、現実世界と異界の境界に身を置いています。特に小トトロは体が小さく非力であるため、外敵や人間から身を隠す自己防衛手段として「カモフラージュ（光学的な透明化能力）」を発達させました。
しかし、劇中でメイに追い詰められた小トトロは、パニックになって縁の下へ逃げ込む際、透明になりきれずに半透明の状態で必死に走っていました。これは「まだ完全に気配を消し去るほどの余裕がなかった」という心理描写であり、109歳でありながらどこか抜けていて愛嬌のある小トトロの性格を見事に表現しています。
また、チビトトロ ドングリをボロボロと落としながら走る描写も印象的です。彼らにとってドングリは主食であると同時に、森を育てるための「生命の種」でもあります。落としたドングリをメイが拾い集めることで、人間と森の精霊のファーストコンタクトが成立するという、脚本上の極めて重要な伏線として機能しています。
