養殖漁業と栽培漁業の仕組みを分ける最大のポイントは、「魚を海に放流するかどうか」という1点に集約されます。
養殖漁業は、卵や稚魚の段階からいけす・水槽などの管理された環境でエサを与え、出荷できる成魚のサイズになるまで人間の手で育て上げる仕組みです。育てた魚はすべて養殖業者の所有物となり、市場へ直接出荷されます。
対する栽培漁業は、卵からふ化させて外敵に襲われにくい稚魚の大きさになるまで大切に育てた後、一度自然の海や川へ放流するのが特徴です。放流された魚は自然界のエサを食べて成長し、大きく育ったところを一般の漁師が通常の漁（沿岸漁業など）によって獲ります。すなわち、「育てる漁業」という同じ看板を掲げながらも、魚が過ごす場所と所有権のあり方が根本から異なっています。
