日常の観察で最も早く異常を知らせてくれるサインが「葉」です。緑色であるはずの葉が変色した場合、そのパターンによって原因が明確に分かれます。
まず、栽培者が最も頻繁に直面するトマトの葉が黄色くなる理由には、病気と生理障害の双方が存在します。下葉から徐々に全体が淡い黄色に変わっていく場合は、株の成長に伴う自然な下葉の老化、あるいは窒素不足です。一方、葉脈の間だけが黄色く抜けて葉脈の緑が残る場合は「マグネシウム欠乏症」が疑われます。これらは病原菌ではないため、適正な追肥や下葉かきで対処が可能です。
しかし、葉の表面に白い粉をまぶしたような円形の斑点が現れた場合は警戒が必要です。これはトマトうどんこ病の治し方が求められる典型的な糸状菌の初期症状です。乾燥した環境下で胞子が飛散して蔓延するため、見つけ次第、初期であればカリグリーンや重曹を希釈したスプレーの散布、あるいは被害葉を摘除して拡大を食い止めます。
さらに危険度が高いのが、雨上がりに急拡大するトマト疫病の初期症状です。葉に水が染みたような暗褐色の不整形な病斑が現れ、湿度が高いと病斑の裏面に薄っすらと白いカビが生じます。疫病は低温多湿（15〜22℃前後）の梅雨時期や秋雨時期に猛威を振るい、放置すると数日で茎や青い果実にまで黒褐色の病斑が広がり、株全体を壊滅させます。
