華々しいキャリアの裏で、私生活では大きな転機を経験しています。1996年に元客室乗務員の一般女性と結婚し、長女をもうけましたが、2012年に約16年間の結婚生活に終止符を打ちました。多忙を極める仕事による生活リズムのすれ違いが主な離婚理由とされていますが、元妻や長女への配慮を怠らず、円満な形で協議離婚が成立しています。
その後、2014年にNHK連続テレビ小説『べっぴんさん』などを手掛けた著名脚本家の渡辺千穂さんと再婚。2016年には女児が誕生しました。羽鳥アナは家庭を非常に大切にしており、多忙な生放送の合間を縫って育児に積極的に参加していることを明かしています。公私ともに充実した精神的支柱を得たことが、現在の安定感ある司会ぶりにも繋がっています。
