オスメスの判別ができるようになると、飼育下での繁殖（ブリーディング）や「オスメスペアでの同居飼育」を検討する飼育者が増えます。しかし、安易な同居は死傷事故に直結する危険を孕んでいます。
ヤモリは強い縄張り意識を持つ生き物です。特にオス同士の同居は厳禁であり、狭いケージ内では激しい噛みつき合いに発展し、尾の自切、四肢の欠損、敗血症や強いストレスによる衰弱死に至ります。一方で「オスとメスなら仲良く共存できる」という認識も危険な誤りです。相性が合わないペアや、メス側の産卵準備が整っていない段階で同居させると、執拗に交尾を迫るオスに追い詰められたメスが拒食に陥る例が多発しています。
安全なペアリングを成立させるためには、以下の繁殖基準を厳格にクリアしていなければなりません。
生後2年以上経過し、頭胴長6〜7cm以上、体重が十分に乗り腹部に骨や内臓の浮き出ていない健康なメスであることが絶対条件です。未成熟なメスを交尾させると、卵殻を形成するためのカルシウムが母体の骨から急激に奪われ、骨軟化症やクル病、卵を体外に押し出せなくなる「卵詰まり（難産）」を引き起こして命を落とします。
【プロの結論】繁殖に挑むべき飼育者と単頭飼育に留めるべき人の判断基準
生態観察の枠を超えてペアリングや繁殖に足を踏み入れるべきか否かは、飼育者側のリソースと覚悟に明確な線引きが求められます。
【繁殖に挑戦する適性がある人】
孵化した体長2cm前後の極小ベビーに対し、初令コオロギやショウジョウバエなどの「微小な生き餌」を毎日欠かさず安定供給できる飼育環境を整えている人。さらに、生まれた子ヤモリを成長後に1匹ずつ単頭管理できるだけの予備ケージと設置スペース（ヤモリは1クラッチで2個産卵し、1シーズンに複数回産むため年間に4〜8匹増加する）をあらかじめ確保できる人です。
【単頭飼育に留めるべき人】
「つがいの方が寂しくないだろう」という人間側の心理的投影で同居を考えている人や、生まれた幼体の引き取り先・個別飼育設備を持たない人は、繁殖を試みるべきではありません。ヤモリは単独行動性の爬虫類であり、孤独によるストレスを感じることはありません。むしろ適切な広さのケージで1匹だけで飼養する方が、小競り合いによる怪我や不要なエネルギー消費を完全に遮断でき、10年近くに及ぶ本来の寿命を健康に全うさせることが可能です。
