肩甲下筋にトラブルが生じると、腕を後ろに回す「結帯動作（帯を結ぶ動き）」や、髪を洗う動作で強い制限と激痛が生じます。主な痛みの原因として挙げられるのは、長時間のデスクワークによる巻き肩姿勢での筋緊張、投球動作などによる使いすぎ（オーバーユース）、そして加齢に伴う組織の柔軟性低下です。
特に注意しなければならないのが、五十肩（肩関節周囲炎）と肩甲下筋の腱板断裂の鑑別です。五十肩は関節包全体が縮んで固まるため「他人が腕を持ち上げても上がらない」状態になりますが、腱板断裂では「痛みはあるものの、他人に支えられれば腕が上がる」「力を抜くと腕を支えきれず落下する」という明確な違いが現れます。
また、肩甲下筋腱がすり減ったり断裂したりすると、隣接する上腕二頭筋長頭腱が脱臼を起こし、肩の前方に激しい炎症と夜間痛を引き起こすケースも少なくありません。
