寺院巡りをする中で多くの人が直面する「三井寺と園城寺の違い」ですが、結論から言えば同一の寺院を指しています。公的な寺号（本名）が「園城寺（おんじょうじ）」であり、歴史的なエピソードに由来する通称・愛称が「三井寺（みいでら）」です。
園城寺という名前の由来は、飛鳥時代にまで遡ります。天智天皇の崩御後に起きた古代最大の内乱「壬申の乱（672年）」で敗れた大友皇子（弘文天皇）。その皇子である大友与多王（おおとものよたのおおきみ）が、父の霊を弔うために自らの「田園城邑（でんえんじょうゆう＝田畑や屋敷地）」を投げ打って寺を建立しました。天武天皇から「園城寺」の勅額を賜ったことが、正式名称の始まりです。
一方、全国的に広く知られる「三井寺」という通称の由来は、境内に湧き出る神聖な泉にあります。この泉の湧水は、天智天皇・天武天皇・持統天皇という飛鳥時代の三代の天皇が誕生した際、産湯（うぶゆ）として用いられました。このことから「御井（みい）の寺」と呼ばれるようになり、やがて「三井寺」の文字が定着したと伝えられています。
現在でも金堂の西側には、その霊泉が湧き続ける覆屋「閼伽井屋（あかいや・重要文化財）」が存在し、ポコポコと水が湧き出す神秘的な水音を耳にすることができます。宗教法人としての正式名称は「園城寺」ですが、最寄りの駅名（京阪電鉄・三井寺駅）や観光案内では親しみやすい「三井寺」が広く用いられています。
