劇場版3部作(興道・叛道・皇道)は、TV版の50話を約8時間半に濃縮し、全編新規アフレコと新作カットを追加した劇場用再構成版です。テンポよく物語を追えるメリットがある一方で、尺の都合上、学園生活の日常エピソードや心理描写の過程が大幅に削られています。
最も決定的な違いは「特定キャラクターの生死」および「その後の人間関係」です。TV版である悲劇的な運命をたどったキャラクターが、劇場版では生存するシナリオへと書き換えられており、この変更が映画『復活のルルーシュ』の物語成立における決定的な前提条件となっています。
TV版で描かれたルルーシュの孤独な葛藤と代償の大きさがあってこそ、劇場版世界線で提示された「もう一つの可能性」に感情を揺さぶられます。いきなり劇場版から入ることも不可能ではありませんが、初見時の衝撃を最大化するならTV版の履修が不可欠です。