万代島駐車場Aを利用する際、絶対に失念してはならないのが「利用者限定の特別割引」と「無料延長サービス」の手続きです。対象者であっても、自己申告や専用機械での処理を怠ると通常料金が請求されてしまいます。
最も割引額が大きいのが佐渡汽船の航路利用者割引です。佐渡汽船（カーフェリーまたはジェットフォイル）に車両を載せず、人間のみで乗船して佐渡へ渡る場合、万代島駐車場の24時間最大料金が通常1,500円から800円へと大幅に割引されます。適用を受けるには、佐渡汽船ターミナル内の総合案内所や待合エリアに設置されている「駐車券割引適用機」に駐車券を自ら通す必要があります。佐渡から帰港した後に気付いても適用手続きができないケースがあるため、往路の乗船手続き時に必ず認証を済ませることが鉄則です。
また、万代島ビル内の施設利用による無料時間の延長サービスも存在します。万代島ビル（ホテル日航新潟やオフィス、商業エリア、Befcoばかうけ展望室）の指定テナントやレストランで一定金額以上の飲食・利用を行うと、通常の60分無料に加えて駐車サービス券が発券されます。施設ごとに付与基準が異なるため、会計時に必ず駐車券を提示して確認してください。なお、朱鷺メッセで開催される一般的な展示会や学会、音楽コンサートの入場チケット自体には駐車料金割引は付帯しません。
