長崎東中学校の最大の魅力は、高校受験の負担を回避し、6年間の一貫カリキュラムで大学受験に向けた高度な探究学習と先取り学習ができる点にあります。
併設の長崎東高校の進路実績を検証すると、東京大学・京都大学をはじめとする旧帝国大学、長崎大学医学部医学科、神戸大学、広島大学などの難関国公立大学へ毎年多数の合格者を輩出しています。高校からの入学者（高入生）も在籍していますが、難関国公立大・医学部現役合格者の多くを中高一貫生が占める傾向が続いています。
文部科学省のスーパーサイエンスハイスクール（SSH）指定校としての実績も長く、国際交流や課題研究などの探究活動が推薦入試（総合型選抜・学校推薦型選抜）においても強力なアドバンテージとして機能しています。
