港町が呑み込まれた発端は、魔法使いの父・フジモトのもとを抜け出した魚の子・ポニョ（本名：ブリュンヒルデ）の純粋すぎる恋心にあります。宗介に再び会いたい一心で人間化を試みたポニョは、海底深くにあるフジモトの部屋に蓄えられていた強力な魔力「生命水」を誤って飲み干し、保管庫の結界を突き破ってしまいました。
生命水とは、かつてカンブリア紀のように生命が爆発的に繁殖した時代の力を宿した危険なエネルギーです。これを取り込んで半魚人から人間の姿へと急激に進化したポニョは、強大すぎる魔力を周囲に撒き散らしました。その結果、地球の重力バランスが狂い、月が地球に極端に異常接近し、人工衛星が流れ星のように次々と落下する天変地異が巻き起こります。
大潮のレベルを遥かに超えた崖の上のポニョの津波シーンは、自然災害というよりも「意志を持った水の獣」として描かれています。巨大魚の形をした大波の上を駆け抜けるポニョの姿は躍動感に満ちていますが、物理的には沿岸部の生活インフラを根底から破壊する現象です。宮崎駿監督が意図したポニョの町が沈む意味とは、人間が都合よく作り替えた現代文明を一度リセットし、海と陸の境界を失わせることで「太古の純粋な生命の海」へと回帰させる神話的儀式でした。
