ジャグアタトゥーの起源は、南米アマゾン熱帯雨林の先住民族が古くから儀式や魔除け、虫除けのために肌に施してきた伝統的な身体装飾にあります。現代のサロンやセルフケアで使用されるインクは、南米原産の果実「チト（Genipa americana）」から抽出されるゲニパアメリカーナ果汁を主原料として精製されています。
皮膚の構造は外側から「表皮」「真皮」「皮下組織」に分かれていますが、ジャグアタトゥーが作用するのは表皮の最外層にあるわずか0.02ミリほどの「角質層」のみです。ゲニパアメリカーナ果汁に含まれるゲニピン（Genipin）という成分が、角質層のアミノ酸やタンパク質と生化学反応（メイラード反応に類似した結合）を起こし、酸化することで特有の濃紺色（藍色・インディゴブルー）へと変化します。
肌の表面を染めるだけであるため、「ジャグアタトゥーは痛いのか？」という初心者の懸念に対して、施術に伴う痛みは完全にゼロです。皮膚に針を刺すような医療類似行為ではなく、ジェル状のインクを肌に乗せて放置し、洗い流す工程のみで完結します。
発色後は、人間の皮膚が本来持っている新陳代謝（ターンオーバー）によって、垢（古い角質）とともに色素が剥がれ落ちていきます。個人の代謝スピードや施術部位にも左右されますが、ジャグアタトゥーの持続期間はおよそ10日から14日間（約2週間）であり、特別な除去処置を行わなくても自然に元の肌色へと戻っていきます。
